Помимо природных красот Водлозерский парк удивляет воображение своими православными святынями. Здесь, на маленьком труднодоступном острове Малый Колгостров, стоит выдающийся исторический и архитектурный памятник — Ильинский погост. Многие века он оставался духовным центром и главной святыней Водлозерья.

В XVI веке царь Иван Грозный повелел основать на островке посреди обширных вод озера православный храм — в том месте, где было когда-то древнее языческое святилище. Первоначальный ансамбль погоста был создан монахами, шедшими на Соловки, однако деревянный храм и колокольня дважды выгорали дотла.

Современный вид архитектурный комплекс Ильинского погоста получил в 1798 году, когда было окончено строительство новой деревянной церкви. Необычен купол храма — вместо привычного для Заонежья шатра здесь установлен четверик: сложное изогнутое четырехгранное покрытие, напоминающее широкий купол. Такая форма церковного купола появилась после реформы Патриарха Никона, считавшего, что шатровые постройки не относятся к канонической форме храма. Кроме необычного четырехгранной конструкции на крыше, есть у Ильинского погоста еще одна архитектурная изюминка — прекрасно сохранившаяся бревенчатая ограда вокруг церкви и кладбища. По надежности это ограждение сравнимо с крепостной стеной. Внутрь ведут прочные тесовые ворота и калитка, сжатые с двух сторон срубами. Раньше почти все северные монастыри и часовни были окружены такими оградами. В частности, ограда Ильинского погоста была использована реставраторами как модель для восстановления утраченного ограждения в Кижах.

До революции Ильинский погост был православным центром Водлозерья: сюда стекалось множество верующих, проводились службы, праздники, устраивались ярмарки. Однако с приходом советской власти храм опустел, а многие священники и прихожане были отправлены в лагеря. Возрождение церкви началось лишь в 1991 году. Сейчас это действующий православный храм.